Segundo investigações feitas pela imprensa, em 2020 um funcionário do INSS foi á Polícia Federal denunciar o esquema de descontos ilegais em aposentadorias, beneficiando uma confederação de trabalhadores rurais. Nas investigações ficou demonstrado que essa entidade chegou a ser descredenciada, mas voltou depois que a direção do órgão mudou a questão dos descontos para outra diretoria.
De acordo com essas informações publicadas no Portal G1, da Globo, essa entidade tinha, no começo de 2020, cerca de 80 mil filiados com desconto nos benefícios previdenciários e em outubro de 2020 esse número passou de 250 mil. Um relatório da Controladoria-Geral da União de 2024 mostra que a Conafer foi a entidade que mais aumentou o volume de descontos entre 2019 e 2024,passando de R$ 400 mil por ano em 2019 para R$ 57 milhões em 2020 e R$ 202 milhões em 2023. As investigações da Polícia Federal foram concluídas e encerradas sem processar ninguém. Os descontos ilegais continuaram acontecendo até estourar o escândalo que derrubou o presidente do INSS e o ministro da Previdência.
